Wald nimmt mit über 87.000 Hektar den größten Flächenanteil in der Region Mittlerer Oberrhein ein. Die größten Waldflächen liegen im nördlichen Schwarzwald. An zweiter Stelle steht die Landwirtschaft, die etwa 77.300 Hektar nutzt, vor allem im fruchtbaren Kraichgau. Siedlungs- sowie Verkehrsflächen beanspruchen 19,2 Prozent der Fläche - Stand Ende 2021.
Im zehnjährigen Zeitraum zwischen 2011 und 2021 wurde hier im Vergleich zu den anderen baden-württembergischen Regionen pro Einwohner unterdurchschnittlich viel Fläche für Siedlung und Verkehr in Anspruch genommen. Dieser sparsame "Flächenverbrauch" wird durch den vergleichsweise hohen Anteil des Verdichtungsraumes an der Gesamtregion begünstigt.
Rund vier Prozent der Regionsfläche stehen unter Naturschutz (75 Gebiete). Die 108 Landschaftsschutzgebiete nehmen zusammen rund 30 Prozent der Fläche ein, die Wasserschutzgebiete (134) umfassen rund 63.000 Hektar (29,3%). Rund 25 qkm bzw. 1,1% der Regionsfläche zählen zum Nationalpark Schwarzwald - Stand: Ende 2018.
Rund ein Viertel der Region (556 qkm) gehört dem Europäischen Schutzgebietssystem „Natura 2000“ an. Mit diesem Flächenanteil liegt die Region weit über dem Landesdurchschnitt.